在百子成功渡过地表入侵，山地基因危机，Ari智能危机以及天幕辐射危机的5年后，天空人和小oHeda领导的地表人又回到了地面。 　　在重建家园的时候，意外发现大战前美国国防建立的海底智能化基地由于备用供电终止，浮出水面。 　　在探索后发现，基地并没有幸存者。 　　在修好了供电设备后，天空人进入了海底基地的控制系统，原来这是在冷战时期就开始研发的太空战基地，之所以修在海底是为了安全和保密。 　　海底基地可以接入还在运行的军事卫星，意外发现美国已经偷偷和宇宙的神族文明取得了联系，神族文明的外交舰队已在百年前出发，现在已进入银河系的边缘。 　　神族文明发现地球文明已经不复存在。

一小群人在收到蒙蒂的信息后仍心有余悸，前往探索这颗神秘的新星球。回到母舰上，Wonkru 的几名成员面临着他们决定的后果。

随着树林中出现新的威胁，克拉克和她的朋友们试图重建圣所。

Clarke虽然击败了人工智能A.L.I.E.，但却面临一个无法战胜的新敌人——地球第二次毁灭。部分人相信末日即将到来，于是向所爱的人寻求慰藉；部分人不愿向命运屈服，发誓要战斗到最后一刻；部分人已经厌倦了战斗，他们宁愿什么都不做；还有部分人决定找个人做替罪羊。Clarke不仅与被洗脑的光之城追随者发生矛盾，还遇到许多新地表人，包括Ilian（Chai Romruen）——他坚信高科技是引发地球再次毁灭的主要原因，而天空人应该为技术的再次出现负全部责任。他在受A.L.I.E.控制时做了一些可怕的事情，他将尽力确保那些事情不再发生。Bellamy很担心Clarke，他不止一次对Clarke表示：不要事事都自己承担，也让别人为你分担一点责任吧。

在全球性的核战过后，仅存的人类躲入空间站方舟中苟延残喘。为了保存资源，控制人口，任何触犯法律的成年人都会被处以死刑。将近一百年后，空间站氧气即将耗尽，人类面临死神的威胁。为此，包括少女克拉克（Eliza Taylor-Cotter 饰）、总理之子威尔斯（Eli Goree 饰）在内的一百名少年犯被强制送往地球，他们即使危急关头的牺牲品，也是人类最后的希望。 　　顺利抵达地球的年轻人急于摆脱方舟的束缚，克拉克则执意和几名同伴寻找供给，在此期间发现地球还有人类存在。另一方面，方舟内的政治局势波谲云诡，总理遇刺，代理总理凯恩（亨利·伊安·库斯克 Henry Ian Cusick 饰）蠢蠢欲动，人类的命运悬于一线……

在第一季结尾中，Jaha自愿留在太空中，换来方舟部分人成功降落到地球上的好消息。但百子们却在成功引爆驻地打败地表人后，被抓到气象山的隔离区中……Bellamy和Finn也在与地表人的打斗中生死未卜。 　　而这一季的故事就从气象山、原方舟人和其他地球人种展开来。

由于无法接受自己的行为而离开阿卡迪亚营地后，克拉克开始了自己的生活，在遇到新挑战的同时处理自己的情绪。随着对权力的渴望加剧，阿卡迪亚营地开始出现政治动荡。

在《我会看着》中，在她的技术天才丈夫（鲍勃·莫利饰）出差后，朱莉（伊丽莎·泰勒饰）仍在哀悼失去妹妹，被困在他们与世隔绝的新家中，必须与自己的恐惧作斗争才能活下去。

故事描述一个交际花回到家乡小镇继承父亲的遗产，结果发现努力工作和帮助别人比她以前的空洞生活更有意义。