贾斯汀和莱利的自发婚礼出了岔子，而梅西则认为一个宿敌——她的母亲米姆西——的消息改变了人们的生活，这让比利短暂的湖边之旅泡汤了。

受伤的莎拉不顾一切地想离开岛屿并与家人团聚，她进入了岛屿的内部，却发现了一个神秘的村庄——Neolution 议程的跳动核心。

随着上一季的结束，Castor克隆人不再构成威胁，克隆人姐妹们的生活似乎可以回归平静，但孕育于过往的险境出现了：一个名为Neolution的组织一直在牵动Leda、Castor、Dyad 和 Topside的命运。在离开冰岛安全屋后，Sarah遇到了神秘的新盟友，而这个人与这一切的开端有着密不可分的联系——Beth Childs。在黑客 Dizzy 的帮助下，Sarah不得不跟随 Beth的脚步，慢慢走向强大的新敌人。Sarah的家人安全受到威胁，她承受着巨大的压力，与此同时，克隆人姐妹们正在被分开推往不同的方向。为了在这次考验中幸存下来，她们必须比此前任何时候都更团结一致。

《黑色孤儿》 第二季将以Sarah不顾一切的寻找她失踪女儿Kira的故事开始。她以其焦土战术（军队撤退时摧毁一切敌军可利用之物）与支持克隆人的Rachel开战，使得所有克隆人都处于被分化和受到威胁的境地之中。一旦Sarah发现了更多关于她 的过去的事，神秘的新角色也随之而来，他们值得信任么？

流浪的孤儿Sarah（塔提阿娜·玛斯拉尼 Tatiana Maslany 饰）目睹一个女人自杀，因为与死者长的极为相似，遂决定假冒死者的身份领取一笔数目可观的存款。然而Sarah万万没有想到，自己竟然闯进了一个危险的谜局

《Sea of Trees》的故事发生在日本富士山脚下的一片森林，这片森林阴暗诡异，任何人如果进入都难逃一死。因此，这片森林成为了自杀者的圣地。马修麦康纳饰演的角色，一名美国人，走进了森林想要结束自己的生命。在路上，他意外地遇到了一位对死亡犹豫不决的日本人（渡边谦），他正要走出森林。两个命途迥异的人于是踏上了一条相同的路。