茶道大师利休的继承者织部、他的园丁乌苏和吴公主的考验和磨难，他们试图在封建日本的政治阴谋中平衡艺术表现和责任。

刘健一（金城武饰）是新宿歌舞伎町的混混，身为台湾与日本人的残留孤儿，混血的他被叫作半唐番，不为社会所容纳。歌舞伎町有着上海帮、福建帮、北京帮、台湾帮等，各方力量形成复杂的角力形势。年关将至，似乎是因为健一的前度拍档吴富春（椎名桔平饰）返回歌舞伎町，他因杀死元成贵（曾志伟饰）的手下而逃亡，元成贵遂限令健一在三日内交出富春，否则二人便只有死路一条。此时左藤夏美（山本未来饰）出现，她称与有过节，为了活命甘愿出卖一切，健一被她吸引。富春终于现身，偷袭元成贵的情妇黄秀红的夜总会“上海滩”，令健一陷入绝境。所有人都劝他离开歌舞伎町，但真相并不是那么简单，命运并没有眷顾二人……

由于父母离异，刚满10岁的忠志（神木隆之介饰）只好跟母亲来到乡下跟外公一起生活。一次偶然，忠志参拜神社时被选为“麒麟送子”。当地有个传说，被选为麒麟送子的孩子可在大天狗山顶，拿到传说中大天狗守护的飞剑。传说那飞剑是用来维护和平的，伙伴们揶揄他不敢上大天狗山取麒麟送子的宝剑。他在尝试一半后，被吓回来。 另一方面，千年魔人加藤保宪（丰川悦司饰）复活，他利用废旧物品的怨气，将其与抓来的妖怪们扔到大怨灵炼火中融合形成邪恶的怪物军团，并率领它们企图毁灭人类。在山神、河童和川姬等妖怪的努力下，忠志通过了考验。为了保卫世界，忠志决定和妖怪们齐心合力，和大恶人决一死战，妖怪大战争正式展开！

2009年，当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）相识的前一年。在美国FBI学成归来的当麻被分在警视厅公安部公安第五课未详事件特别对策系，接受组长野野村光太郎的直接领导。此前不久，某大型石油企业高管接连被人杀害，死者的心脏无一例外都留下被人用手捏过的痕迹。显而易见，这一系列事件和所谓的SPEC持有者有着极为密切的联系。与此同时，石油企业高管Diablo（大杉涟 饰）高薪聘请神秘SPEC持有者一十一（神木隆之介 饰），企图阻挡神秘的SPEC杀手。一十一，这个日后与当麻和濑文有着不解渊源的难缠敌手将当麻视作杀害父母的爆弹女，之后更斩杀了当麻在美国结识的好友Nancy。 SPEC宏大篇章自此拉开序幕，决定世界命运的重大事件也进入了倒计时……