圣诞夜，退役自行车选手Gin，性倒错者花，离家出走的少女美由纪三人在东京的雪夜中无所事事。这时，他们发现垃圾堆中有一位哭泣的弃婴。孩子的襁褓中仅有一个酒吧的名片与照片。婴儿的父母身份成了谜团。 花想收留孩子，并将孩子取名清子。但另外2人表示反对。于是三人开始了寻找清子父母的旅程。圣诞夜幸福的气氛，伴随的却是怀中清子的哭泣。无家可归的三个人，开始为同样无家可归的清子找寻属于她的家。这一队流浪者，在一夜经历了诸多奇妙的事件。他们能找到清子的父母吗？

在网路上，突然出现了一隻数码蛋，这隻蛋破壳后，出生了一隻数码宝贝，它疯狂地吞噬着整个电力网络系统，给电力网络运行造成了重大影响，而且它不断地进化，食量也越来越大。太一在开始的时候和素娜吵架了，阿和和阿武外出了，美美去玩了，阿助……只有光子郎和太一在，阿武和阿和找到了电脑来支援太一，后来那个数码宝贝又一次进化了！这时候，发生了一件意想不到的事情……

1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。

分隔在两个世界的爱力克兄弟二人，使用各自的手段尝试着兄弟再会。 哥哥爱德华穿过“门”来到真实世界。公元1923年的德国慕尼黑，一场世界大战即将到来。无法在这个世界使用炼金术的爱德华，与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一起研究火箭的科技，希望借助火箭回到原来的世界。另一边的炼金术世界，弟弟阿尔冯斯修行炼金术，打扮宛若曾经的爱德华，与国家炼金术士们一起寻找找回哥哥的方法。 而暗地中，慕尼黑的一个神秘组织开始了寻找理想国“香巴拉”的仪式，连接炼金术世界与现实世界的“门”被打开了。 兄弟二人的命运与两个世界的危机交织在一起，爱力克兄弟要面对前所未有的挑战。

故事背景为日本的江户时代，风是一家小茶馆的侍女，这天茶馆里来了一群地方恶霸，其中地方官儿子龙次郎尤其欺人太甚。风因为意外得罪了龙次郎，情急之下，茶馆内一名无职浪人“无幻”出手救了风。另一方面，地方官正在欺压老百姓，流浪武士“仁”路见不平拔剑相助，杀死了地方官身边的四个“高手”保镖，救下了穷人，因此得罪了地方官。 随后，无幻和仁在茶馆里相遇并交手，忽然一场大火将他们困住，二人随之被捕。因儿子在大火中丧生，恼羞成怒的地方官勒令将二人砍首。砍首之日二人大闹刑场，并且在风的帮助下，从刑场中逃出来了。作为代价，风要求他们一起去寻找一个身上“带着向日葵香味”的武士。从此，三人展开了一场奇幻的旅程。