神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。 在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。 出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。

她们被称为大剑，因为身后永远背着一把大剑，行走天涯。她们又被叫做银眼魔女，存在的目的即是帮助人类铲除妖魔，却常常被人类的惊恐和冷漠所包围。 迪妮莎，古妮雅，两位双子女神的神圣名字，也是两名优秀大剑战士的名字。她们一个是大剑历史上最优秀的领袖，一个是大剑中的最弱一名，No.47。然而她们的命运彼此相连，血肉相溶的她们永生永世并肩作战。 在一次次浴血奋战中，她们在拯救人类，也在救赎自我。等待着觉醒，找寻着生存的意义，大剑挥散血腥的黑暗，洒下生命的阳光。