在可见的未来，人类偶然发现了被喻为之谜的“盖塔射线”，但是无人知道，那将会是世界末日的开始……由于INVADER突然来袭，月球在转眼之间被占领，跟着，它们的魔爪企图伸展到地球。人类用高科技的结晶——“超级机器人”，经过长达十年的“月世界战争”，成功把可怕的侵略者消灭了，但是……

第二部《Appleseed XIII》电影中的动作戏仍在继续，将动画系列缩减为你最想要的：子弹、爆炸和彻底的混乱！当恐怖分子开始刺杀生化人时，杜南可能是唯一能够保护未来的人。

时为战国。醍醐之国主景光，在某所寺院的大堂中，向12尊鬼神像许愿领土繁荣。作为交换而诞生的景光之后嗣，身体各处都有所欠缺，被视作不祥之子而抛弃到河川之中。时光流逝，鬼神实现了与景光的约定，国家迎来了平安。这样的某天，名为“多罗罗”的年幼盗贼，与某个男人相遇。

公元10世纪末期，世界各地出现了只做战争掠夺的最强民族·维京人。被讴歌为最强战士的儿子·托尔芬，自小便生活在战场上，并向往着梦幻大陆“文兰（VINLAND）”

此去经年，窟卢塔族惨遭灭族的伤痛依然时时折磨着最后的遗民酷拉皮卡（泽城美雪 配音）的身心。在追寻幻影旅团的旅途中，酷拉皮卡竟意外重逢当年的本族好友Bairo，谁知却被对方夺去了号称“七大美色”之一的绯红之眼。他的遭遇经雷欧力之口，很快传到了奇犽（伊濑茉莉也 配音）和小杰（潘惠美 配音）的耳中。为了找到伤害朋友的真正凶手，他们四处追查对方的藏身之地，在这一过程中结识了美丽神秘的少女小列，同时遭到一群死亡人偶的攻击。另一方面，西索（浪川大辅 配音）突然现身酷拉皮卡和雷欧力面前，向他们揭示了凶手的真实身份。盘根错节的恩怨，拉开了一场惨烈战斗的序幕…… 本片根据漫画家富樫义博的同名原作改编，为该动画的首部剧场版。

岛津丰久，一名活跃于战国时代后期的年轻豪杰。在一场撤退战中，为了掩护友军平安脱困而身受重伤。不料眼一眨，却赫见一名不明人物出现在眼前，并打开一扇门引他进入另一个由许多不同时空交错而成的奇幻世界。而从这一刻起，他便成了在这个新世界与诸多历史名人合作及交战，进而大展身手的漂流武士！