银魂完结篇即将上演，坂田银时（杉田智和 配音）在影院抓住一个盗录的电影小偷，谁知刺眼的白光之后，他却被带到一个颇有些陌生的世界。不远处的江户，曾经的繁华早已不再，高楼大厦已变成没有人居住的废墟。原来此刻银时正身处五年后的未来，过去的岁月里，名为“白诅”的神秘病毒恣意蔓延，导致世界濒临毁灭边缘。他在荒芜的街道见到了飒爽英姿的志村新八（阪口大助 配音）和武功高强的神乐（钉宫理惠 配音）。似乎未来世界的银时当初为调查白诅而意外死亡，新八与神乐继承了他和万事屋的遗址，与一切恶徒作战。 化名阿珍的银时回到破败的街道和朋友们身边，此时他仿佛背负起改变黑色未来的重大使命……

故事发生在日本的江户时代，一名神秘的男子出现在了武士桂小太郎（石田彰 配音）的面前，他手握妖刀“红樱”，要求试刀，这个夜晚之后，桂便下落不明。桂的宠物伊丽莎白（高松信司 配音）找到万事屋的神乐（钉宫理惠 配音）和新八（坂口大助 配音），委托他们寻找主人的下落。同时，银时（杉田智和）也受到委托，寻找四处作恶的红樱的下落。三人的线索汇聚到了一艘空中飞艇上，由于远离警察的管辖范围，飞艇里的恶势力一手遮天。在那里，银时遇见了曾经的战友现在的对手高杉晋助（子安武人 配音），高杉正带领着自己的鬼兵队企图毁灭江户。一面是穷凶极恶的恐怖分子，一边是暴虐嗜血的妖刀红樱，身受重伤的银时能够平安脱险拯救江户吗？

由人类改造而成的“水之星球”AQUA上，有一座著名的观光城市“新威尼斯”。15岁的水无灯里（叶月绘理乃 配音）从地球来到新威尼斯，憧憬着成为一名帅气的领航员，“领航员”的主要工作是划着凤尾舟载着游客领略水城的美景。她在一所叫亚利亚的领航公司中担任领航员工作，她先后结识了蓝华、爱丽丝等好友，还遇上被称为“三大水精灵”之一的艾丽西亚前辈。 身为“半熟手”的灯里，尽管还不能熟练地出航招待客人，但她每一天都为梦想而努力着。在水之城新威尼斯上，乐天派的灯里和她的朋友们经历着各种各样的新鲜事，从这些与地球全然不同的际遇中，灯里渐渐地意识到要成为一名出色的领航员意味着什么。