神谕局特工高云龙（阮颂扬饰）受命进入明朝，在寻找此前已去的好友曹小妹（陈嘉桓饰）的同时追查时空扰乱的组织阴谋，同时帮助，从而陷入东林书院与东厂的纷争，东林书院成员接二连三遭到谋杀，然而对凶手的查找却毫无线索，书院大哥叶敬卿（宋庭隽饰）最终禀明朝廷，让皇上下令彻查谁在蛊惑人心，并直指东厂。至此，一场浩大愁情以正义收官，高云龙则留于明朝继续事业。

《雄兵连》系列是国内首部3D军事科幻题材动漫作品，《雄兵连3雷霆万钧》为该系列故事最新续作，剧情承接上一季，讲述地球与天使阵营结盟，共同对抗外星恶势力的故事。