铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走一种致命的病毒。

2002年，数码世界面临灭亡的危机！数码世界本是由究极天使兽、基路比兽及神圣天女兽三大天使所管治的，然而其中一位天使——基路比兽却叛变，这使得数码世界的平衡受到破坏，并开始崩溃……

拓也他们到了数码世界的一个浮起的岛，这个岛上的人型数码精灵和兽型是完全对立的，人型的数码精灵帮助了拓也、友树和纯平，而兽型的数码精灵则协助辉二和泉，拓也和辉二竟就此打起上来，后来因其它数码精灵哭了起来而停此。人型的剑道兽，与兽型的小熊兽是好朋友，他们说起洞穴里有古代的数码精灵，认为如果仍然存在的，必定可解救这个岛。两种型态再次战争，拓也进化成炎龙兽......

故事舞台发生在架空的城市──日本美空市美空町，除此之外还有魔女世界和魔法堂等，自称为世界上最不幸的美少女的春风DoReMi，一直相信这世界上有魔女，并希望自己成为魔女后可以向喜欢的人表白。有一天放学时，春风DoReMi经过一间名叫新旗山莉卡魔法堂的店铺，进入一探究竟时，碰巧拆穿了当时魔法堂的老板-魔女莉卡具有魔女身份，而导致她变成魔女青蛙。由于只有正式的魔女才可让魔女莉卡恢复原貌，为了帮助魔女莉卡回复原状，DoReMi成为了魔女见习生，并要在见习魔女9个级别(第9级至第1级)的考试中合格，从而取得魔女的象征──自己的水晶球，才能成为正式魔女，期间，初贵，爱子与DoReMi的妹妹泡泡，因为先后知道DoReMi是魔女见习生，为了不让DoReMi也变成魔女青蛙，因此也陆续成为魔女见习生。为了赚取使用魔力所需的魔法珠，所以要时常在魔法堂帮忙，期间也慢慢的参加升级试，在升级试的途中，Doremi等人获得了精灵陪伴。

即将升上四年级的DoReMi、羽月、小爱及音符已经成为好朋友，但同时也失去魔女身份。一天晚上，她们四人回到了魔法堂想见魔女莉卡一面，而在无意间发现魔女莉卡所遗留下来的吹风机(其实是女王变出来，引导DoReMi一行进入魔女界的工具)，因此想借口把吹风机送回给魔女莉卡以重回魔女世界。在女王刻意安排下，她们四人穿过女王的玫瑰花园，并撞见一位魔女婴儿在皇后玫瑰花中诞生（皇后玫瑰花为一百年开一朵的珍贵的玫瑰花，由其中出生魔力特强的魔女将是未来魔女女王的候选人，按规定撞见魔女婴儿诞生者有扶养之义务）。在大部分的魔女持反对意见之下，女王吩咐她们要照顾这魔女婴儿一年，并恢复她们魔女见习生的身份。期间DoReMi等人要接受九次魔女婴儿定期健康检查，若是任一次检查不合格，魔女婴儿就要送回魔女世界。这魔女婴儿后来由DoReMi命名为小花，意思是从花朵诞生的婴儿。在众人的照顾下小花渐渐长大懂事，但其强大的魔力也带给她们不少麻烦。

虽然已经确定成为魔女，但是还是必须等待一段时间才行，这段时间，小魔女们天天在魔法堂里仰首等待来自魔女世界使者的通知。很快地，开学的日子到了！这天，DoReMi的班上来了一个小女孩，这可吓坏了DoReMi和小桃子！因为她竟是小花！小花在魔法幼儿园哩，每天迫不及待想和DoReMi她们一起上学，于是大量使用魔法，把自己变成一个小六学生，而且连魔法堂的样子也改变了！但是小花过量使用魔法下，使得魔女一生只能拥有一个的“魔女水晶球”却破掉了。因此，魔女女王将自己的水晶球敲出六小块，分给小魔女们，让小花也变成魔女见习生，并且必须通过魔女的九级考试。届时，大家才能一同成为魔女…

这是一个魔女与人类共存的世界，为了保证魔女的身份不被揭穿，被人类发现了真实身份的魔女都会变成魔女青蛙，唯有另一个拥有正式身份的魔女才能够解开魔法。一次偶然中，一直梦想者能够成为魔女的少女春风Doremi（千叶千惠巳 配音）撞破了魔女莉卡的身份，无奈之下，莉卡只得将春风收为见习魔女。春风必须经历漫长而艰苦的修炼，通过魔女的考试才能够正式获得魔女资格。 在此之后，成熟稳重，性格文静的藤原羽月（秋谷智子 配音），精明强干活泼好动的妹尾爱子（松冈由贵 配音），傲娇跋扈但内心善良的濑川音符（宍戸留美 配音）春风的妹妹春风泡泡（大谷育江 配音）等人都因发现了春风的身份而接连成为了见习魔女。随着时间的流逝，对于女孩们来说，通过魔女考试反而成为了次要目的，最重要的是，一定要利用各自的魔法能力让人们获得幸福。