故事开始于卧底警察潜伏黑帮，意外的坐上了黑帮老大的位置，不料被大毒枭设计一步步拖入公海的魔鬼运输船；恰逢此时，一支神秘的第三方部队正在展开他们的复仇之路，命运的纠葛从此开始。在三方力量的角逐中，激烈的搏斗、刀战、枪战、狙击战、遥控炸弹，层层升级步步惊心。在法与情，爱与恨，兄弟和女人之间，有些事情总要有人去做。

多事的追命（郑中基 饰）、铁手（邹兆龙 饰）耍花招，撮合冷血（邓超 饰）、无情（刘亦菲 饰）这对小情人，神侯府上下正其乐融融，空气却传来浓烈的血腥味道，三里之外的城郊老宅，杀人凶案正在发生！ 　　四大名捕前往现场，奋力追凶。 　　六扇门接获消息，捕神（成泰燊 饰）也带同姬摇花（ 江一燕 饰）等前来了解案情，双方合并追查，发现此案与六扇门早前追查的几宗灭门案有牵连。 　　悬案未决，六扇门却在碑林发现了捕神的尸体，而此前正是诸葛先生（黄秋生 饰）约捕神在碑林见面，一切线索都指向了诸葛先生。为探明真相，诸葛正我回到碑林查看，没想到却碰到了一位绝迹江湖多年的老朋友。双方对峙之时，四大名捕和六扇门也相继赶到，再生枝节。六扇门将诸葛先生和无情收押天牢。 　　四大名捕群龙无首，名存实亡。此时，王爷（李子雄 饰）忽访天牢，奉皇上旨意要即刻治无情死罪。铁血大牢之内，一场权力、仇恨、爱情、友情的角力就此展开……