21世纪初，人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上，仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆，前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败，人类只得再度返回地球。而长距离亚空间航行所引发的时空歪曲，导致人类回到的地方变成了“两万年后的地球”。在这个地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时，与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的“对哥斯拉战术”，通过殊死战斗成功击倒了哥斯拉。但喜悦并未持续多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了。两万年间持续成长生存、身高300米、质量超过10万吨，在进化成这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前，晴男等人落花流水。拯救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵。挑战者、抗争者，全部被火焰吞噬而消失了”面对这样的他们，晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”。另一方面，比尔沙尔德的指挥官·加尔格，注意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·纳米金属”所制造而欢喜。这和21世纪他们在富士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物质所构成。这正是当时的开发设备至今仍然残存的证明——。

某年夏天，6岁小女孩竹川萤来到爷爷家度假，她闯进了传说住满妖怪的山神森林。正当她因为迷路而焦急万分的时候，一个戴着狐狸面具的大男孩出现在她面前，并引领着萤找到回家的路。虽然萤分外感激，可是男孩却禁止她碰触自己的身体，原来这名叫银的男孩并非人类，他一旦被人类碰触就会烟消云散。在此后的日子里，萤和银成为好朋友，他们走遍了森林的每一个角落玩耍。日复一日，年复一年，每到夏天的时候萤就会如约来到森林和好朋友见面。她遵守着和银的约定，无论如何也不碰触银的身体。随着年龄的增长，萤和银对彼此的情感都悄悄发生了变化，他们共同期待相聚的日子，共同期待拥抱对方……

夜斗（神谷浩史 配音），是个居无定所、打着散工、穿着运动服的落魄神明，既没有神社供奉，连手下的神器也急着跳槽，他却怀着“受万民景仰”的伟大梦想，以五元香油钱为价格，接受各种各样的委托，上至砍妖除魔，下至打扫卫生。就这样，夜斗穿梭于此岸与彼岸，与八百万神明、服侍神明的“神器”、人类以及妖，共同生活在这个光怪陆离的世界中。 一天，普通初中女生一岐日和（内田真礼 配音）因意外与夜斗结缘，为此落下了一种奇怪的体质——灵魂和身体很容易出现分离。日和拜托夜斗解决自己的问题，夜斗却烦恼着自己手下没有“神器”。不久，夜斗命中注定的神器出现了，夜斗赐其名为雪音（梶裕贵 配音）…… 本动画改编自安达渡嘉创作的同名神幻题材漫画。