讲述了蒋云飞及其妻子一行人在幽冥船寻找在船上失踪的孩子妙妙，却遭到了幽冥王及其手下的攻击，蒋妻和随行的副官都被残忍杀害，尸体也都被将左将右处理，只有蒋云飞被留了活口。多年后，身手敏捷鬼灵精怪的王大雁在魔船上丢了妹妹，巧遇一直在船上寻子心切的北洋军人蒋云飞，两人联手经过重重追查，得知亲人的失踪与幽冥王有关，遂与幽冥王及其手下展开一连串匪夷所思、惊险无比的海上大战。

《深海巨妖2》承接上一部的精彩剧情，面人爷爷在对抗恶势力的过程中不幸遇难，临终前嘱咐蒋云飞不要再苟且度日迷失自己，势必要帮助大雁战胜幽冥王，结束这样毫无人性的黑暗统治，心系妹妹的王大雁不顾路途凶险执意要前往魔域，蒋云飞为保护大雁一改颓靡不振的状态，最终两人联手冒着生命危险与幽冥王及其手下展开了殊死较量。

绿藤市连发两发命案，受害人均为网络女主播。犯罪分子冒充外卖送餐员入室杀人，作案手段残忍血腥，女警唐悠（彭渤饰）通过一连串的数据分析，信誓旦旦的推断出主播桑楠楠就是杀害其他两名网络女主播的凶手，而马上就传出桑楠楠被绑的直播视频，方木（陈若轩饰）出场后与桑楠楠的对话中怀疑凶手是沈湘，不料话音未落就得到沈湘死亡的消息，最后方木根据“眼镜”，“身高”，“沈湘身上的污迹”等线索将嫌疑人锁定为沈湘的男朋友罗家海，又通过沈湘的遗书、桑楠楠直播细节等蛛丝马迹发现真正患PTSD的人是罗家海自己。局长邢志森的女儿邢娜和同学在KTV中被欺负，经理报案想讹诈邢娜，后来邢娜搬来了救兵邰伟（王泷正饰），气势嚣张的经理便怂了下来。后来邢至森为救刑娜中枪昏迷，邢娜失踪 ，方木和邰伟（王泷正饰）二人追查，一桩拐卖妇女为客户的二胎代孕案浮出水面。正寻找邢娜时，经方木查明这是以正义之名教化社会的连环催眠杀人案。