乡下的14岁少女艾丽卡，为了成为传说中的“乙HiME”，不远万里来到繁华的大都市，想要在风华王国的加尔德罗贝学院学习。所谓“乙HiME“，是王权贵族们为了保护自己所招募的，通过建立契约而使用超能力的少女们的通称。这是每个少女都梦想的职业，艾丽卡也不例外。但加尔德罗贝学院的入学条件十分苛刻，艾丽卡对此无能为力。正当艾丽卡一筹莫展之际，她竟遇到被士兵追捕的风华王国公主真白公主！原来，真白厌倦王室无聊的生活，逃离了王宫。二人逃离追兵后，突然遭遇了奇怪生物的袭击，加尔德罗贝学院的预备生尼娜•王与学院中的乙HiME开始了公主营救行动。

主人公·长菜奈寺美被同级生露理诱惑参加了同人志的贩售会。在那里奈寺美第一次接受到同人文化的冲击。在露理和已是同人界超级人气作家的幼年玩伴Justice的影响下，奈寺美也开始了自己的同人活动，不过由于完全是外行人，所以技术完全不行。不过奈寺美并没有因此而灰心，反而向着人气漫画家的方向努力前进，与各种奇怪的朋友一起过着充实的每一天。

这里是，“人”“神”“魔”各个种族混杂在一起的神秘世界密斯塔尔希亚。快活的玛娜莉亚王国公主“安”，内向的龙族公主“格蕾尔”。自两人的相遇之后，玛娜莉亚魔法学院的生活开始了。

这是一个存在着魔法的世界，式森和树（坂口大助 配音）是一个不合格的魔法师，虽然出生于魔法世家，但他一生可以使用魔法的次数仅为8次，一旦次数用完，施术者便会变成幽灵。平凡的和树准备就这样度过他平凡的一生，直到某天，一个自称是他妻子的女孩出现在了他的面前。此女名为间宫夕菜，曾经是和数的亲梅竹马，而她此次前来的目的，居然是想要继承和树体内质量极其优秀的遗传因子！就这样，和树和夕菜开始了快乐的同居生活。 随着时间的推移，为了得到和树的因子，神城凛（猪口有佳 配音）、风椿玖里子（松冈由贵 配音）等长相可爱的女孩子接连出现在了和树的生活当中，一场因子争夺战轰轰烈烈的展开了。

故事发生在御伽学园里，大神凉子（伊藤静 配音）是一个身材娇小但个性十分凶悍的傲娇少女。在学园中，有一个名为御伽学园学生互助协会的神秘组织，而大神正是其中的一员。此外，还有患有视线恐惧症的跟踪狂森野亮士（入野自由 配音），外表可爱内心腹黑至极的赤井林檎（伊藤加奈惠 配音），异装癖患者桐木李斯特（野岛裕史 配音），成熟稳重的大姐姐桐木爱丽斯（堀江由衣 配音）等6人均是此神秘组织中的成员。 扶助协会的任务是在紧要关头令需要帮助的人欠下人情，再在需要之时逼迫他们偿还债务，这看似无理的粗暴做法其实饱含了成员们的良苦用心。而为了让世界变得更好，大神和她的七个伙伴们每天都在不懈的努力着。

自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。

电击文库最畅销的轻小说《魔法禁书目录》曾在2008年10月由J.C.Staff改编成同名TV动画并大获好评，其外传《某科学的超电磁炮》也于09年10月改编成TV动画，相信不少观众早已拜倒在炮姐裙底的安全裤上。5月20日从日本著名的映像出版会社TSUTAYA传出了2010年秋天动画二期的图片。