小鸟游是家中独子，上有姐姐下有妹妹，从小生活在女人堆里，酷爱一切和可爱有关的事物。机缘巧合的来到一家叫做瓦古娜利亚的餐厅打工，开始了学校、打工、家事三点一线的忙碌生活。小鸟游渐渐发现，原来瓦古娜利亚餐厅的店员都各具特色：种岛是个外形娇小，长着一张娃娃脸的可爱女生，凭借这令自己相当头疼的卡哇伊外形深得大家疼爱。伊波有着男性恐惧症，对女顾客服务完美的无法挑剔，却因为这奇怪的病症经常殴打男顾客。八千代是外场负责人，特点是喜欢佩戴一把武士道，和爱吃的店长白藤杏子，冷面厨师佐藤三人有着暧昧不清的关系。面对这些怪异却有趣的同事，小鸟游也随着时间渐渐融入到了这别具特色的餐厅打工生活中。

平凡的中学生鹿目圆（悠木碧 配音）有一个美满的家庭，在生活中她是个性格温顺又有爱心的好孩子。转学生晓美焰（斋藤千和 配音）的出现打破了小圆平静的生活，这个性格酷酷又体弱多病的黑长直少女似乎对小圆有着什么难言之隐。命运中的相遇出现了，小圆在路边救下了一只浑身是伤的奇怪动物 ，没想到这只动物居然会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫丘比（加藤英美里 配音），并且提出了一个特殊的要求，它希望小圆能够和它签订契约成为魔法少女。 魔法少女是这个世界中一种特殊的存在，她们肩负着和魔女战斗的使命，作为报酬，丘比可以实现她们任意的一个愿望。在战斗的过程中，小圆发现魔法少女这个职业并非故事里所描绘的那么美好，随时有着牺牲的可能。并且，随着战斗的升级，一个关乎于她自己的残酷真相正在逐步的浮出水面。