Misato和她的反神经组织Wille抵达巴黎，这座城市现在因核心化而变得红色。旗舰“无德”号的船员们降落在一座防护塔上。

这是一个美苏两个超级大国仍然在明争暗斗的时代，分成东西两大阵营的人类虽然没有进行大规模的军事行动，但是在不为人知的背后世界里，各国的情报人员正进行着残酷异常的间谍战。相良宗介中士是神秘的国际组织米斯利尔特殊部队成员，专门在世界各地即将发生战争或武装冲突的地区从事组织下达的秘密任务，化解危机。这一次宗介接到了一个在日本当地的任务，要他化装成高中生潜入都立阵代高校，去保护一位16岁的女高中生千鸟香奈芽。这位蓝发少女似乎和普通的女高中生没有什么两样，但却成为各国间谍秘密争夺的目标。为了保护千鸟，宗介驾驶机动战士“Arm Sl*e”与其它神秘组织对峙。使得都立阵代高校成了一块危险之地，校内随时发生疯狂的机枪扫射及山崩地裂的爆炸事件。

在外人看来，宫则雪野（榎本温子 配音）品学兼优，性格开朗，乐于助人，是个无可挑剔的完美女孩。可是一旦回到家里，她便立刻褪去伪装，穿着邋遢，脾气暴躁，最让人咋舌的是，雪野对于他人赞美的虚荣心膨胀到了极限。偶然中，雪野的双重性格被同班同学有马总一郎（铃木千寻 配音）发现了。但是，有马总一郎并没有因此而厌恶雪野，反而渐渐的被这样的双重性格所吸引。这究竟是为什么呢？原来，有马也有着属于自己的秘密。有马出生于医学世家，性情温和成绩优异。这样的他总是能得到大家的目光，但这目光同时也带给了他很大的压力。为了维持昔日的完美形象，他不得不掩盖其他那扭曲的黑暗性格，这让他身心俱疲。这样的有马遇见了雪野，痛苦的他逐渐意识到，其实他并不用时时刻刻都带着虚假的面具，起码在雪野面前可以不必如此。彼男和彼女之间，一丝特殊的情愫正在慢慢生长。