200年前，超元世界的人类和来自其他世界的怪兽发生了战争。为了对抗强大的怪兽，人类发明了超元卡装置，将怪兽封印在超元卡中，结束了战争。 主人公云天曾是一位热爱超元卡比赛的少年，但是体质特殊的他无法控制好超元卡中的怪兽能量。 一天，他意外从爸爸发掘的古遗迹中获得了一个神奇的卡盒。 云天决定前往寻找4张传说超元卡，希望用向超元卡许愿的方式找回哥哥。就这样，云天告别了父母，踏上旅程。

热爱陀螺并渴望成为新时代双甲战陀王的星野收到了第一战陀学院的入学考试邀请，星野凭借着自己的实力和永不后退的精神，成功通过考试。进入学院后，星野和小恶魔皇甫耀、神兵少族长澜等志同道合的同学们组成队伍，突破重重关卡成为了总冠军，将代表学院征战双甲全国学院联赛的舞台！就在众人在更大的舞台上，挥洒汗水追逐战陀梦想时，一场威胁着整个战陀世界的危机也悄然逼近……