这是一个很久以前的故事。有一个地方住着一对老夫妇。老爷爷上山去捡些木柴，老奶奶去河边洗衣服，虽然桃太郎消灭了鬼，但是他得知外国似乎也有鬼的存在……于是他渡海而来。

2045年，坍缩液的污染已蔓延到整个地球。为了争夺食与住这两项人类最原始的需求，第三次世界大战席卷了全世界。战争结束后，世界已是寸草不生。

自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。