故事围绕着五位少年的校园生活展开，双胞胎兄弟浅羽悠太和佑希，和他们的青梅竹马——冢原要和松冈春，以及转校生橘千鹤。一个个清新淡雅的画面，描绘了五位少年一段段幽默温馨的青春故事。 在漫天樱花飞舞中，穗稀高中的学生迎来了开学典礼。四名少年曾经在春天相遇，之后便共同度过了许多个春天，今年的他们成为了穗稀高中的二年级生。新学年的开始，冢原要强迫佑希参加学校的社团，运动神经很发达的佑希却情愿躲在家里看漫画……不久后，个性活泼外向的混血儿橘千鹤转到他们班上，原来他曾经是佑希的童年玩伴。自此，五人开始了属于他们的简简单单但又真真实实的青春生活。

耗日持久的战争结束了，大地虽然满目疮痍，但总算迎来了短暂的平静，一片苍白的静默之中，地球进入了“衰退期”，历史的车轮倒转，整个世界停摆了。童年时代，深空彼方（金元寿子 配音）曾在一片废墟之中邂逅了一位神秘的女子，女子用手中的小号吹奏了《奇异恩典》，被美妙音乐吸引的彼方开始对小号发生了兴趣。 　　长大后，彼方加入了军队，被编入1121小队，在那里，她成为了一名通信兵。外表刚强内心柔软的和宫梨旺（小林优 配音）、个性傲娇不会轻易低头的墨埜谷暮羽（喜多村英梨 配音）、冷漠的天才少女寒凪乃绘留（悠木碧 配音）、成熟稳重的费利西娅（远藤绫 配音），在军中，彼方结识了这些个性迥异的好友，充满了快乐的日常就此展开

作品主要围绕犀川研究室成员之一的犀川创平，以及犀川的恩师的女儿西之园萌绘两人展开，虽然萌绘并不是犀川研究室的成员，但参与了该研究室此次的研讨旅行，地点定在了妃真加岛。随后，在萌绘的提议下，犀川和萌绘前去拜访了座落在这座岛上的真贺田研究所，然而他们在那里的密室中发现了一具尸体。以此为契机，之后又连续发生杀人事件，被卷入其中的两人一同解决充满谜团的连环凶杀案……

逃离了恩典农场的15个孩子。抛弃虚假的乐园、追求自由的他们，面临的是从未见过的植物和动物，以及追赶而来的“鬼”……外面的世界虽然美丽，但他们所面对的又过于残酷。但孩子们不会放弃。他们在来自“密涅瓦”的信息以及诺曼留下的一支钢笔的引导下，向着明天进发。为了实现前去迎接留在农场的“家人”这一约定。

故事发生在名为恩典农场的孤儿院内，在这里生活着很多失去了亲人，无家可归的孩子们，他们共有36人，每天，在劳作和玩耍之余，孩子们还要进行学习和测验，其中，佼佼者是名为艾玛（诸星堇 配音）的女孩和名为诺曼（内田真礼 配音）的男孩。

小学生木之本樱（丹下樱 配音）是一个平凡的女孩，有一个温柔的爸爸木之本藤隆（田中秀幸 配音）和一个体贴的好友大道寺知世（岩男润子 配音）。一天，在父亲的书房中她发现了一本尘封已久的魔法书，并无意间解除了书上的封印，一只会说话的玩偶可鲁贝洛斯（久川绫 配音）出现在了她的面前。小可告诉她，自己是守护这本书的神兽，书中封印着名叫库洛牌的东西。现在，封印解除了，它要小樱成为库洛魔法师，它将协助她收复这些四处捣乱的库洛牌。隔天，小樱的班上转来了一个名叫李小狼（熊井素子 配音）的转学生，这个外表酷酷的男孩原来也是冲着库洛牌而来。 随着库洛牌的封印，越来越多的角色出现在了小樱的身边，而他们的真正目的，却还不得而知。