这部作品风格类似于大和古装片，背景却发生在未来的日本。在不夜城新宿，人类和妖怪和平共处。但是，曾几何时连环杀人案连续发生，而罪犯是叫廻向的神秘男人。为何曾经是街之守护使『鸦』的他会向人类复仇呢？

本片以湘南的江之岛为舞台，围绕岛上四个少年真田雪、春、宇佐美夏树、阿基拉·安格鲁卡鲁·山田展开。高中生真田雪（逢坂良太 配音）是个转校生，他不善于与人交往，还经常会因为紧张而露出可怕的表情。春（入野自由 配音），自称是从宇宙来地球钓鱼的外星人，他不仅擅自住在雪家，还邀请雪钓鱼。没有一个朋友的雪，因为春的出现而参加到钓鱼这项活动中。随后他们又结识了在江之岛土生土长的、有超强钓鱼技术的"钓鱼王子"——宇佐美夏树（内山昂辉 配音），还认识了神秘转校生、印度人阿基拉·安格鲁卡鲁·山田（杉田智和 配音）。 　　春以“只有我们才能拯救地球”为理由，一直强迫雪学钓鱼，无可奈何的雪便向夏树请教钓鱼技巧。另一方面，神秘印度人阿基拉因为接受了组织的任务，一直在暗中观察着他们几人。这四个人的相遇，会碰撞出怎么样的青春火花呢？

雨夜里，一名怀孕女子来到旅馆投宿，老板娘将她安排到一个从不住人的房间里。同时，有个追杀此名女子的男人也来到旅馆。不久后，奇怪的事情发生了。卖药郎得知妖怪的“形”乃怨灵“座敷童子”，而“真”和“理”究竟是……在卖药郎的询问下，老板娘说出了多年的真相，原来这家旅馆的前身是青楼，而这个房间，竟然是……

故事发生在2015年的东京立川市，极度发达的网络科技让手机和社交网络成为了人们生活中不可或缺的一部分，与此同时，被称为“MESS”的网络漏洞亦常常给用户带来意想不到的麻烦。

故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。

故事发生在遥远的未来时代，日本财政陷入了巨大的危机之中，就在国家即将崩溃之时，一个名为“Sovereign Wealth Fund”的金融机构出现，成功的挽救了摇摇欲坠的日本。尽管经济危机得到了缓解，但城市却因长久以来的缺乏管理而陷入了混乱，失业率、自杀率和犯罪率急速上升。

故事发生在伊良部综合医院精神科，作为那里的主治医生，伊良部一郎（三矢雄二 配音）每天都要面对形形色色的怪异患者。杂技演员山下公平（森川智之 配音）作为空中飞人的表演者成功次数为零。猪野诚司（高桥广树 配音）身为黑道的首领，却患有害怕一切尖锐物品的尖端恐惧症。棒球投手坂东 真一（浪川大辅 配音）即将要因为心理障碍而被驱逐出心爱的棒球队。畅销小说家星山纯一（三木真一郎 配音）正被怀疑自己的桥段已被使用过而饱受苦恼。 　　这些看似怪异的疾病其实指向的正是患者的内心，在超级美女助手真由美（山本由美 配音）的帮助下，一郎将撇除偏见，指导他们如何直面内心的恐惧从而达到自我痊愈的目的。

暑假最后的那天夜晚，悄悄潜入学校泳池的浅羽直之与一位手腕上嵌有银色球体不可思议的少女伊里野加奈相遇。 新学期，伊里野转学来到浅羽的班级。 似乎不擅于与别人打交道的伊里野，只有在浅羽的面前才可以敞开心扉。学校生活中，两人的关系愈发亲密起来。但是由于频繁的在校内广播中被提名，有时候发生了些不可思议的“反应”... 在这个时候总会出现一名身穿黑色衣服的男子??木夏本及时的使伊里野摆脱窘境。难道伊里野背负着什么难以逃脱的宿命和重大的任务吗...！？ 不久，军事基地要塞城市「園原」和新闻部一直想弄清的不明飞行物UFO的骚乱原因，在通过特殊战斗机“黑色防弹盾”和其驾驶员以及护卫部队的存在这些事实，逐渐查明了真相... 伊里野和浅羽苦恼的“UFO的夏天”现在才刚刚开始...

帕拉蒂姆城里的所有人都失去了40年前的记忆，而居民们用头脑中留下的文明和道德观念维系着这个失忆之城。谈判专家ロジャー·スミス自救下机器人R·ドロシー·ウェインライト后又经历了一系列的冒险，渐渐接近了这个世界的真实……