外星人“咚大人”（ドン様）率领的恶之军团本打算侵略地球，但是自己的宇宙飞船却不见了（动画中改为毁于火灾）。这时外星人偶然获得了地球人晴太的帮助，于是外星人们就开始了一边在地球上打工一边不放弃侵略地球野心的生活。

魔法——这不是传说或童话的产物，而是发展至今将近一个世纪的现实技术。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法师」培育机构「魔法科高中」，某位少女将入学就读。容貌秀丽、完美无缺的优等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪梦想着和一同入学的哥哥——达也过着亲密的高中生活，但挡在她面前的是一科生与二科生——优等生与劣等生的高墙……!? 由爱慕哥哥之心更胜亲情的妹妹——深雪的视角所鲜活描绘的，另一个「魔法科高中」在此上演。

对于朋友、家人以及成绩怀有烦恼和自卑的小学六年生立花彩，某天，与在补习班遇到的超·个性男生四人组成了“侦探小队KZ”！！

夜斗（神谷浩史 配音），是个居无定所、打着散工、穿着运动服的落魄神明，既没有神社供奉，连手下的神器也急着跳槽，他却怀着“受万民景仰”的伟大梦想，以五元香油钱为价格，接受各种各样的委托，上至砍妖除魔，下至打扫卫生。就这样，夜斗穿梭于此岸与彼岸，与八百万神明、服侍神明的“神器”、人类以及妖，共同生活在这个光怪陆离的世界中。 一天，普通初中女生一岐日和（内田真礼 配音）因意外与夜斗结缘，为此落下了一种奇怪的体质——灵魂和身体很容易出现分离。日和拜托夜斗解决自己的问题，夜斗却烦恼着自己手下没有“神器”。不久，夜斗命中注定的神器出现了，夜斗赐其名为雪音（梶裕贵 配音）…… 本动画改编自安达渡嘉创作的同名神幻题材漫画。