该剧改编自铃木浩的同名漫画，描绘了由七名死罪犯组成的“七大罪”，以对抗世界的危机。本作与剧场版第一作一样，是铃木的全新原创故事的动画化作品，描绘了延续电视动画的“最终章之后”。

故事舞台将设定在中世纪的欧洲，一个名为威尔贝鲁的国家在经历了一场大战后，好不容易才维持了10年的和平，却突然要面临与邻国桑加托斯国的交战。为了避免又一场战争，威尔贝鲁国的国王海德鲁决定把女儿丽达嫁给邻国的盖鲁尼亚王子实行政治联姻，在新婚之夜受到侵犯的丽达却刺伤了盖鲁尼亚逃走。桑加托斯的国王朗巴诺夫被激怒了，宣言如果对方在14天内不能交出丽达的话就要发动战争。

江戸時代、将軍・徳川吉宗の命により設置された目安箱に寄せられた庶民の声を受けて、「新中町奉行所」通称「蟲奉行所」が新設される。その役目は江戸に跋扈する巨大蟲を駆除すること。新米同心の月島仁兵衛は巨大蟲から江戸を守るため、先輩の同心達と共に戦うこととなる。