主人公·各务原安昙接受青之世界的命令，与成为其搭档的Z/X·利盖尔一同前往新设的女子学校「富士御崎学园」。

在平行世界的日本，铁道国有化根深蒂固。就读于桐生铁道高中的高山直人（福山润 配音）梦想进入国铁担任火车司机，从此过上安安稳稳的生活。为此他进入学生铁道OJT参加培训，并在此结识了性格过激的暴力女樱井葵（沼仓爱美 配音）和头脑简单四肢发达的岩泉翔（日野聪 配音）等人。好不容易通过了OJT的测试，结果直人他们却被分配到了东京中央铁路公安室第四警戒班。原来国铁长期赤字，许多地方线路长期废弃。为此有很多组织以极端的手段要求国家将铁路实现民营化，于是铁道公安队应运而生。直人他们成为铁路上不可或缺的重要存在……

故事发生在1924年的圣瓦尔贵族子弟寄宿学校玛格丽特学院，转学生久城一弥（江口拓也 配音）刚刚来到学校，就因外表而被称为不详的“黑色死神”。实际上，一弥是个老实又木讷的男孩，可正是这样的性格使他总是轻易的会被卷入难以用常理来解释的怪奇事件中。在一次杀人事件中，一弥遇见了身材娇小一头金发的少女维多利加（悠木碧 配音），这个谜一样的少女以其高超的智商帮助一弥脱出了险境，两人的羁绊也从此开始了。 在这个校园里，流传着许许多多耸人听闻的灵异事件，而在这些事件的背后，作祟的究竟是鬼怪还是人类，这个问题的答案就要交给一弥和维多利加去一一破解了。

樱木雏子（市道真央 配音）是一个个性十分内向和害羞的女孩，然而，她的心中却怀揣着成为一名戏剧演员的梦想。为了实现自己的梦想，雏子决定推自己一把，离开了熟悉的故乡，前往首都，她希望在那里能够结识到新的朋友，磨练自己与他人交往的能力。 雏子住进了名为四季庄的宿舍里，让雏子没有想到的是，这里竟然是一家旧书店。在四季庄，雏子认识了很多朋友——个性开朗乐观喜欢吃书的奇怪少女夏川久依奈（富田美忧 配音）、平日里沉默寡言但一旦站在舞台之上就能够口若悬河的荻野千秋（东城日沙子 配音）、外表娇小可爱却一直十分努力的生活着的柊真雪（小仓唯 配音）。