登上前船之魂的女孩叫“舰娘”。来自深海的异形敌人、舰娘，被称为“深海栖舰”，是唯一能与他们对抗的存在。他们献身于战斗，保卫人民和海洋。但面对深海舰压倒性的数量优势，舰娘非死即伤，战局继续倒向深海一方。此时，驱逐舰“时雨”被编入新舰队。这支舰队被称为“第一游击队第三部队”(1YB3H)。但这支舰队可谓“东拼西凑”:成员只有老旧军舰“山城”、“扶桑”号、唯一的航空巡洋舰“最上”，以及4艘驱逐

半数居民都拥有特殊能力的街道，咲良田。在负责监视能力者的“管理局”管理下，居民过着和平的生活。“想要消去眼前之人的泪水”、“想要将声音传达给某人”。伴随着这种温柔而又细微的“愿望”，这条街道的能力诞生了。 拥有能够回想起过去体验过的全部记忆的“记忆保持”能力的浅井惠，以及拥有“最大能够将世界倒带3天”的“重启”能力的春埼美空。她自身也受到“重启”的影响而失去了记忆，但通过与决不会忘记任何事情的惠齐心协力，两人得以将过去重来，并改变现在—。 但，也存在着即使是这样的两人也无法重来的“过去”。那是，两年前同级生相麻堇受到“重启”的影响而消失的事情。 两人从属于名为“服务社团”的社团活动，一边过着完成学生们各种各样委托的每一天，一边寻找着能够让相麻堇复活的方法。这样的他们收到了一件委托——“希望让死去的猫复活”。 为了消除在过去发生的“悲哀”，少年与少女穿越时间，前去改变世界—