1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。

故事发生在伊良部综合医院精神科，作为那里的主治医生，伊良部一郎（三矢雄二 配音）每天都要面对形形色色的怪异患者。杂技演员山下公平（森川智之 配音）作为空中飞人的表演者成功次数为零。猪野诚司（高桥广树 配音）身为黑道的首领，却患有害怕一切尖锐物品的尖端恐惧症。棒球投手坂东 真一（浪川大辅 配音）即将要因为心理障碍而被驱逐出心爱的棒球队。畅销小说家星山纯一（三木真一郎 配音）正被怀疑自己的桥段已被使用过而饱受苦恼。 　　这些看似怪异的疾病其实指向的正是患者的内心，在超级美女助手真由美（山本由美 配音）的帮助下，一郎将撇除偏见，指导他们如何直面内心的恐惧从而达到自我痊愈的目的。

在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……