西元2003年5月，金星相隔3千年后再度与巨大冰状行星冲撞，厚实的碳酸大气层因此遭到破坏，接着地表开始产生酸性海洋，并出现了地球型的大气层。人类随即开始着手金星的地球化以及移民计划，并于2018年（金星历元年）将首批移民团送至伊修塔尔大陆，但由于金星的土地却超乎想像的贫瘠，于是人们又再度为了争夺土地而掀起战端。金星历72年，金星被分割成伊修塔尔与爱芙罗黛蒂两大自治州，第二、三批移民团也相继抵达，独立通信社记者，苏珊．索玛兹亦是其中之一。此时，让金星的人们最感到热衷的就是在爱芙罗黛蒂的首都．伊娥市所进行的机车大赛“绕圈赛”；参赛车队之一的“杀手突击队”在蜜兰达的领导下，希洛、玛姬等人也都有相当优异的表现。某日在比赛的途中，突然出现了数百辆的伊修塔尔重型战车“章鱼”，伊娥市因而遭到占领，希洛等人也遭受到了迫害，后来“杀手突击队”的这群年轻人终于挺身而出，试图抵抗这群侵略者。拯救了希洛的爱芙罗黛蒂军游击队“猎犬”队长．卡兹上尉，送给了希洛一部特殊机车武器“猎犬”。在不安与绝望之中，希洛、玛姬、蜜兰达等人也接连地被卷入这场战争……

炎炎夏日来到，春日恭介（古谷徹 配音）和鲇川圆（鶴ひろみ 配音）却迎来人生中最重要的时刻。大学入学考试在即，他们为了心中理想的学校各自努力。与此同时，春日和鲇川心中的默契与日俱增，只是谁也不知道明天将会如何。另一方面，开朗天真的桧山光（原えりこ 配音）参加歌舞剧的选秀，渴望有朝一日走上纽约的中央舞台。眼见心爱的春日终日忙碌，自己却不能施以援手，这个纯洁的少女只能送上甜甜的香吻作为鼓励。这样的小举动当然会令心思缜密的鲇川发觉，她和春日由此陷入冷战，而这段三角恋情似乎也到了即将摊牌的时刻……

湘北高中的一年级新生樱木花道在初中就有了被50个女孩抛弃的“悲惨”经历，最后一个女孩抛弃他原来是看上了篮球部队小田，由此樱木对篮球更是深恶痛绝。进入高中后，樱木看上了美少女赤木晴子，晴子十分热爱篮球，为了赢取晴子的芳心，樱木决定加入篮球部。在侥幸赢得与篮球队队长赤木刚宪的打赌后，樱木顺利加入了篮球队。随着国中篮球联赛的最有价值球员流川枫的到来、伤愈复出的控位宫城良田以及误入歧途的前国中最有价值球员三井寿的回归，去年不堪一击的湘北篮球今年可谓人强马壮，虽然问题少年一大帮，但是在队长赤木刚宪的带领下，这一群以全国第一为目标的篮球少年正朝着自己的梦想进发！

0088年6月6日，新吉恩军向地球空降先遣部队，经两个月时间的活动，于8月1日正式开始对地球进攻。8月29日，新吉恩占领达卡尔，并将大量旧公国军及提坦斯残党收编。此后一发不可收拾，10月31日，新吉恩实施卫星坠落战术，终于迫使联邦于11月24日同意将殖民卫星群SIDE3让给新吉恩，以此作为吉恩从地球撤兵的条件。然而，哈曼的文治武略无法令所有追随者认同。新吉恩旗下的年轻军官格雷米，在独自振兴吉恩信念驱使下于圣诞节反叛哈曼，率部从阿克西斯独立出来。在这一系列重大变动造成的复杂局面中，代表联邦而战的军事组织奥古，在以布莱德为首的领导层指挥下，持续着艰苦卓绝的斗争。成为这一时期奥古主力的战士，是以名叫捷多·亚西塔的少年为首的一群来自殖民卫星的孩子，而捷多的座机，正是当年阿纳海姆社以卡繆为中心所进行开发的Z计划最后的作品枣可变型机动战士MSZ-010高达ZZ，捷多的恋人露·鲁卡则搭乘Z高达，其余同伴亦分别乘坐高达MK Ⅱ等机种。 与阿姆罗、卡繆一样，捷多也是一样强大的NEW TYPE，然而似乎也正因如此，同样难逃悲剧性事件的围绕：在战场上接触到的新吉恩NEW TYPE少女璞露，以及璞露的克隆体璞露2（读作璞露茨），与捷多产生共鸣并消除敌意，但却又随之先后为保护捷多而丧生…… 在露的鼓励下，捷多终于从沮丧中摆脱出来，同时，露亦创下击毙新吉恩叛军首领格雷米的战绩。终于，在0089年1月17日，以奥古为核心的联邦军，向阿克西斯发动了最后的进攻。战斗如火如荼地展开了，为各自所相信的理想、信念而争个不休，同时进行着对决的捷多与哈曼，在一轮恶斗后，以哈曼·卡恩之死迎来了这场动乱的结束。随着和平的曙光再次降临，捷多与露一起踏上了前往木星的旅途。对他们而言，出生入死的人生经历已经结束，新的生活正在前方招手。然而对于宇宙间多数平民百姓，真正的和平什么时候才能到来呢？