喜屋武历（畠中祐 配音）是一位非常热爱滑板运动的少年，对于名为“S”的滑板竞技比赛格外的热衷，一次偶然中，历和名为驰河兰加（小林千晃 配音）的加拿大转学生一起参加了被称为“BEEF”的滑板决斗，就此被卷入了一段疯狂的经历之中。 　　年纪虽小但实力可怖的知念实也（永冢拓马 配音）、无论是外形还是性格都充满了反叛精神的比嘉广海（三宅健太 配音）、身份神秘技术高超的樱屋敷薫（绿川光 配音）、虽然身形庞大却有着惊人速度的南城虎次郎（松本保典 配音），在比赛中，历和加兰结识了一群和他们志同道合的好友们，也遇见了不容小觑的劲敌。

描述主角灯荒仁在机缘巧合下，碰到了过去的好友浅观音真宝，但却因此卷入了一场强者间斗争的故事。

在第二季中，主人公七濑遥（岛崎信长 配音）以及好朋友橘真琴（铃木达央 配音）成为岩鸢高中三年级生，他们一方面烦恼着没有新人加入游泳部，另一方面还面临着毕业去向问题。同为游泳部成员的渚（代永翼 配音）和怜（平川大辅 配音），积极准备着全国大赛的训练。 　　与第一季相比，本季最大的看点，就是新角色山崎宗介（细谷佳正 配音）的登场。他是凛（宫野真守 配音）小学时代的好友，游泳实力强劲，转校归来加入了凛的游泳部。两个游泳部，两支接力队伍，在未来的全国赛上，会碰撞出什么样的青春水花？

有着非凡的姿容，和卓越战斗力的少年·亚修。统领街头暴力团的他听到了，被手下所杀的男人在临死之际说出的“BANANA FISH”的神秘话语。与此同时，他与作为摄影师的助手来取材的日本少年·奥村英二相遇。两人决定一同追寻“BANANA FISH”之谜——

表面上看来，东云名乃（古谷静佳 配音）是一个外表可爱又有点天然呆的黑发女孩，可是，她背后醒目的发条暴露了她的真实身份——由博士（今野宏美 配音）所改造的少女机器人。虽然对于自己背后的发条感到十分自卑，但博士总是以其非常可爱为由拒绝帮助名乃进行改造。 在名乃就读的1年纪Q班中，汇聚着名乃的诸多好友们——个性过于活泼以至于经常暴走的相生祐子（本多真梨子 配音），常常陷于对同性恋情的幻想之中的美术型女生长野原美绪（相泽舞 配音），以及外表沉默安静内里腹黑毒舌的三好学生水上麻衣（富樫美铃 配音）。就这样，经常处于脱线状态的日常和激烈的吐槽在这三人之间展开了。

小学时期，游泳部的四名成员在毕业前的游泳比赛中夺冠，之后他们毕业的毕业，出国的出国，四人分道扬镳。时过境迁，就读岩鸢高中的七濑遥（岛崎信长 配音）和好朋友橘真琴（铃木达央 配音）升上高二，他们与昔日的游泳部成员之一叶月渚（代永翼 配音）重逢。三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。 　　遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。