故事发生在二十一世纪初始，日本依旧笼罩在德川幕府的统治之下，柳生宗朗（平川大辅 配音）家中世代经营道场，宗朗本人则肩负着成为下任当家的沉重责任。尽管身为德川家康的臣子，但宗朗对幕府的独裁以及武应学园塾对于反抗学生的暴力镇压感到十分不满。他的不满招致了飞来横祸，不仅道场面临关门大吉的命运，宗朗更是遭到了学生会派出的精锐部队的追杀。

故事发生在德川幕府第二十五代将军德川庆康统治下的日本，德川家设立了武应学园，并组织了学生会，用以对抗还试图顽固抵抗的丰臣一派。柳生宗朗（平川大辅 配音）是武应学园的高材生，一天，当他正在道场里练习时，一位名叫柳生十兵卫（悠木碧 配音）的美少女从天而降，柳生就这样莫名其妙的多了一个“妹妹”，和十兵卫开始了同居生活。