故事发生在风景秀丽的百花村，在那里，生活着一个名为马良（邵亦琛 饰）的男孩，马良虽然顽皮，却热爱画画，颇有天赋。某日，大将军（孟祥龙 配音）和小皇帝（王晓彤 配音）的到来打破了村庄内宁静的气氛，他们得知在村庄地下埋藏着价值连城的金矿，于是企图赶走全部村民，展开挖掘行动。 　　泼墨仙人（吴文伦 配音）预感到百花村将有大难，于是将神笔赐予马良，让马良利用神笔化虚为实的神奇力量，保卫村民们赖以生存的家园。小皇帝见识到了神笔的威力，想要将它据为己有。大将军设计骗过了单纯善良的马良，并且准备利用神笔，将整个村庄毁灭。

《雄兵连》系列是国内首部3D军事科幻题材动漫作品，《雄兵连3雷霆万钧》为该系列故事最新续作，剧情承接上一季，讲述地球与天使阵营结盟，共同对抗外星恶势力的故事。