“不论何种谜团都全部解明，这就是我雷顿侦探社的宗旨。”雷顿教授的女儿卡特莉艾尔·雷顿，和会说话的狗夏洛以及助手诺亚一起经营雷顿侦探社，每天都在解决发生在伦敦的不可思议事件。原本为了寻找突然失踪的父亲艾尔夏尔·雷顿而开始的这份工作，但利用各种异想天开的想法来解谜却逐渐成为了话题，并开始迎来各种委托。

正值万圣节之际，东京涉谷热闹非凡。涉谷HIKARIE大厦里正在举办一场婚礼，身着婚纱的便是——警视厅的佐藤警官。当柯南等宾客都在见证这场婚礼的时候，突如其来的暴徒向佐藤扑去！高木为了保护佐藤而受伤，好在性命无忧。可这时映入佐藤眼里的，是三年前爆炸事件松田阵平殉职时出现的死神的幻影，这一次出现在了高木的身上。 　　与此同时，那场连续爆炸事件的犯人越狱了！这是巧合吗？ 　　这个犯人同时也是公安警察降谷零(安室透)宿命的敌人，因为他害死了自己的同学松田。在即将追到犯人之际，突然出现了一个神秘的变装人物，给安室装上了项圈炸弹。为了解除项圈炸弹，柯南赶到了安室潜伏的地下避难所。柯南从安室口中得知了另一桩事件——三年前，安室和警校同学(现已亡)在涉谷遇到了身份不明的变装炸弹犯「普拉米亚」。 　　然而这时，危险已经开始笼罩搜查中的柯南等人……

童年时一次看电视转播的经历，在少年日向翔阳（村濑步 配音）的心中种下了排球的种子。他在初中时代是排球部的主将，可是人丁寥落的排球部始终没有起色，唯一一场比赛也以惨败告终。在此之后，他终于如愿考入梦寐以求的学府乌野高中，并加入了该校的排球部。当年翔阳在电视上看到的正是乌野 高中的比赛，如今这个学校的排球却正面临着衰败的命运。与宿命的对手和好友影山飞雄（石川界人 配音）聚首于此，心怀排球梦想的少年们将团结一心，带领着乌野这名王者再度振翅高飞……

击败青城晋级决赛的乌野，白鸟泽成为他们的下一个对手。

这是一个神灵真实存在的世界，正如神话中所流传的那样，诸神在各自的领域中发挥着不同的作用。但是，逐渐的，有一些邪恶的神开始无法安分守己，他们的欲望和权利想要的到伸张，也会带来毁灭性的灾难。于是，一些有特殊能力能够杀死神灵的少年和少女们出现了，我们称他们为弑神者。 　　草薙护堂（松冈祯丞 配音）是一个普通的高中生，一次偶然中，他打败了军神继承了他的能力，从此，一条弑神的道路在护堂面前展开了。与此同时，少女艾丽卡（日笠阳子 配音）、巫女万里谷祐理（花泽香菜 配音）、艾丽卡的好友利利亚娜（喜多村英梨 配音）等人也都逐渐发现了自己的能力，随着战斗的深入，他们发现，单打独斗绝非正道，只有团结起来，利用优势隐藏劣势，才有可能战胜那最后的，最可怕的，也是最强大的敌人。