被忍者法庭绑架并与 Master Splinter 分离，海龟和人类侍僧被带到日本开始他们的训练。 他们将需要它，因为古老的邪恶正在到来。

海龟和斯普林特突然发现自己身处一个充满飞行汽车、多个大气层和重力区以及人类和外星人“大熔炉”的未来世界。 谁该为这个烂摊子负责？

经过了十个世纪，大约在198X年的某一天，阿特姆施莱德在日本收养了义女唐井(恰巧是天狗施莱德小禄崎的直系血缘传人)，并传授了她有关忍者的一切，可能是考虑到地球科技的发展让他即将可能回到太空，所以他将唐井立为自己的继承人，并告诉了她自己是外星人的一切真相。随后跟随地球上其它逃亡阿特姆的消息，阿特姆施莱德转战来到了美国，并且很快拥有了纽约市长颁发的城市金钥匙，成为纽约最大的资产家，家财万贯，同时拥有全市最高的大厦，并且控制着整个城市的黑势力。

一位前男孩天才的扭曲的不幸遭遇化为乌有，中年疯狂科学家Rusty Venture博士；他那些愚蠢的十几岁的儿子；他们疯狂的保镖；医生的头号敌人，无能的超级反派君主和他的男性情人，女朋友博士。