健一和海伦的父亲都是海洋学者，他和父亲一起目击了神秘的飞行物体降落在海里。4人乘坐小船去了现场，但是突然被海中的光线照射，被带到了陌生的地方。那里曾经是宇宙飞船里。出现的女性自称是吉格拉星人，为了证明自己的科学能力，在他们的面前让东京发生了震级13级的大地震。在前所未有的大灾害中，吉格拉星人向人类要求投降。住在海里的吉古拉星人说，因为自己的星球的海洋被公害污染了，所以寻找拥有美丽大海的移民地，找到了距离480光年远的地球。吉古拉不仅企图占领大海，还企图以人类为粮食。孩子们总算是从宇宙船上逃出来了，但是追着他们自称是吉古拉星人的女性也登陆了。另一方面，受到了熊熊火焰攻击的宇宙飞船爆炸，出现了在海中像飞一样移动的银色怪兽。这就是真正的吉古拉星人的样子。因为和母星的水压不同，吉古拉看着就变得巨大。哥美拉把战斗场转移到了吉兆不擅长应付的地面上，但在光线的连射下倒在了海里。一个身子也动不了的水鸭。防卫军的攻击对ジグラ完全没有效果。作为最后的希望，前往救助黑社会的健一他们4人，也被吉格拉拉拉拉进了1万米的日本海沟。被人质夺取了4人的防卫军总司令终于决定投降……。